Der Namensgeber Johannes a Lasco (1499-1560) ist als Schüler des Erasmus von Rotterdam zunächst ein Vertreter des polnischen Renaissance-Humanismus gewesen, bevor er zum reformierten Protestantismus wechselte und als Superintendent der ostfriesischen Kirche unter Gräfin Anna von 1542 - 1549 und als Superintendent der Londoner Exulanten-Gemeinde (1549-1553) unter Edward VI. für die Organisation und Gestaltung des Gottesdienstes eine bleibende Bedeutung für die europäischen reformierten Kirchen erlangt hat.

1992 bis 1995 wurde die Ruine der ehemaligen Großen Kirche zu Emden in den Neubau einer wissenschaftlichen Bibliothek und Tagungsstätte für den reformierten Protestantismus integriert. An den Baukosten in Höhe von 15,6 Mio. DM beteiligten sich neben der Evangelisch-reformierten Kirche maßgeblich die Stiftung Niedersachsen sowie das Land Niedersachsen und die Stadt Emden. Grundlagen dieses bemerkenswerten Engagements und Zusammenwirkens von Landesstiftung, öffentlicher Hand und reformierter Kirche waren die historischen Buch- und Archivbestände der reformierten Gemeinde Emden.

Die 1559 in Emden begründete Bibliothek ist im Laufe der Jahrhunderte zu einer in Fachkreisen anerkannten Spezialbibliothek für den reformierten Protestantismus geworden und hatte seit 1570 ihren Ort bis zur kriegsbedingten Auslagerung in der 1943 zerstörten Kirche. 1993 ist die Bibliothek zu einer kirchlichen Stiftung bürgerlichen Rechts rechtlich verselbständigt worden. Im Kuratorium sind Vertreter der Evangelisch-Reformierten Kirche, des Reformierten Bundes, der EKD, des Ev.-luth. Sprengels Ostfriesland, der Ev. Kirche im Rheinland, der Lippischen Landeskirche, der Ostfriesische Landschaft sowie der Stadt Emden. Die Bibliothek wurde im November 1995 eröffnet. Ein wissenschaftlicher Beirat verantwortet den Forschungsbereich.

Der Schwerpunkt der Forschungsarbeit liegt im Bereich des reformierten Protestantismus und der Konfessionsgeschichte der Frühen Neuzeit. Dabei sollen nicht so sehr kirchen- und theologiegeschichtlich immanente Prozesse, vielmehr die diversen Kulturwirkungen des reformierten Protestantismus möglichst umfassend und interdisziplinär untersucht werden. Neben diesem eigenen thematischen Akzent finden jedoch auch Veranstaltungen oder Projekte Dritter ihren Ort in der Johannes a Lasco Bibliothek (JAL).

Die JAL Bibliothek gibt als eigene Reihe heraus die

„Veröffentlichungen der Johannes a Lasco Bibliothek Große Kirche Emden“,

beteiligt sich an den „Emder Beiträgen zum reformierten Protestantismus“ sowie dem „EMDER JAHRBUCH für historische Landeskunde Ostfrieslands“.

Der ab 1559 kontinuierlich gewachsene Buchbestand umfasst heute ca. 130.000 Titel.  In einem Projekt im Rahmen der verteilten digitalen Forschungsbibliothek wurde die Bibliothek des niederländisch-reformierten Theologen Albert Hardenberg (1510-1574) vollständig digitalisiert und ins Netz gestellt. Die JAL Bibliothek vergibt gelegentlich Druckkostenzuschüsse und Stipendien für Arbeiten aus ihrem Themenschwerpunkt und beteiligt sich an der Organisation oder Finanzierung vergleichbarer Projekte Dritter.