Zentrales Anliegen des Forschungszentrums ist die frühneuzeitliche Wissensgeschichte. Im Sinne einer disziplinübergreifenden Wissenschaftsgeschichte der Geisteswissenschaften werden Schwerpunkte auf oft vernachlässigte Gebiete der frühneuzeitlichen Gelehrsamkeit gelegt, die aber im 16., 17. und frühen 18. Jahrhundert von hoher Bedeutung und hohem Prestige waren und sich wechselseitig befruchtet haben (wie etwa antiquarische Arbeiten, philologische Studien zum Arabischen, Hebräischen, Syrischen, Studien zur antiken Religion, zu Numismatik, zu Theologie und Geschichte). Diese Themen werden im Forschungszentrum aufgrund von Quellenstudien, aber auch mit modernen kulturwissenschaftlichen Methoden wie Netzwerkforschung, Buch- und Lesegeschichte, „science studies“ und historischer Anthropologie (zum gelehrten Habitus, symbolischer Kommunikation) bearbeitet.
Ein weiterer Schwerpunkt des Zentrums liegt auf der Erforschung der frühneuzeitlichen Hofkultur, vor allem in Mitteldeutschland, dem Hof als Kommunikationsraum und Wissenskultur, sowie der Rolle der Konfession (inbesondere des Protestantismus) bei der Repräsentation der Dynastie.

Ein dritter Schwerpunkt ist die „Untergrundforschung“, zu der es am Forschungszentrum eine Graduiertenschule gibt. Die Graduiertenschule führt Projekte zusammen, die jeweils spezifische Untersuchungen über heterodoxe Gestalten, Gruppen und Ideen im Spannungsfeld von Religion und Aufklärung vornehmen. Sie betreibt „Untergrundforschung“, indem sie ihr Augenmerk auf Fragen lenkt wie folgende: Gab es im Untergrund (oder den Untergründen?) personelle und thematische Überschneidungen? Hatten antiklerikale Separatisten, Freidenker, Kriminelle, Diplomaten, Spione, Charlatane Gemeinsamkeiten? Haben etwa Freidenker von Separatisten-Netzwerken profitiert? Haben Charlatane ähnliche Strategien verfolgt und ähnliche kryptische Erkennungszeichen verwendet? Haben Geheimgesellschaften ähnliche soziale und rituelle Muster entwickelt wie religiöse Sekten oder wie Banden? Hat die Notwendigkeit zu heimlicher Publikation und zu Dissimulation ähnliche psychologische und soziale Wirkungen hervorgerufen? Lässt sich eine Art Kartographie des Untergrundes entwickeln?

Das Forschungszentrum veranstaltet Vorträge, Tagungen und Ausstellungen. Es unterhält DFG-Projekte zu „Erschließung, Auswertung und Analyse eines europäischen Netzwerkes des protestantischen Nonkonformismus um 1700 ausgehend von Friedrich Brecklings ‚catalogus testium veritatis‘“ sowie zu „Edition des Briefwechsels zu Johann Friedruch Blumenbach“. Außerdem ist es Basis für Netzwerke und Arbeitskreise, so etwa dem Netzwerk „Frühneuzeit-Orientalistik“, dem Netzwerk „Sozinianismus-Forschung in Deutschland“ und dem Internationalen Arbeitskreis für Auslegungs- und Mediengeschichte der Bibel.

Es ist als zentrale Einreichtung der Universität Erfurt angeschlossen an die Forschungsbibliothek Gotha (Teil der Universitäts- und Forschungsbibliothek Erfurt/Gotha), die zu den bedeutenden historischen Bibliotheken in der Bundesrepublik Deutschland zählt. Sie bewahrt neben den Büchersammlungen des Herzoghauses Sachsen-Gotha-Altenburg auch die Sammlungen des geographischen Verlages Justus Perthes Gotha. Die Bibliothek wurde in den 1640er und 1650er Jahren von Herzog Ernst I. begründet und wird seit Beginn des 18. Jahrhunderts nahezu ununterbrochen im Ostturm des Schlosses Friedenstein aufbewahrt. Neben mittelalterlichen Handschriften und hervorragenden orientalischen Textzeugen beherbergt die Bibliothek eine der wichtigen Sammlungen zur Kulturgeschichte des Protestantismus vor der Aufklärungsepoche. Für die Forschung steht heute ein Fundus von 680.000 gedruckten Werken seit Erfindung des Buchdrucks, etwa 10.000 Handschriftenbänden, 185.000 Einzelkarten und 800 laufenden Metern Archivalien bereit.